معلومة

هل البادئات أو الكاشفات المحددة ، أو كلاهما ، مستخدمة في اختبارات COVID-19؟

هل البادئات أو الكاشفات المحددة ، أو كلاهما ، مستخدمة في اختبارات COVID-19؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أحاول التعرف على إجراء اختبار rRT-PCR المستخدم لاختبار COVID-19 ، لكنني مرتبك قليلاً بشأن نقطة واحدة. هل البادئات عالية التحديد تُستخدم مع كاشف غير محدد ، أم أنها تستخدم كواشف محددة للغاية ، أو تستخدم كلاً من البادئات والكاشفات المحددة؟ تقول بعض المصادر أنه يتم استخدام تعدد الإرسال PCR ، مما يشير إلى كاشف معين ، ولكن بما أنني ما زلت مبتدئًا في هذا الموضوع ، فأنا لست متأكدًا. وسأكون ممتنًا أيضًا إذا تمكن شخص ما أيضًا من الإشارة إلى مصدر يفصل بعض إجراءات الاختبار.

شكرا لك


عندما تقوم بتشغيل تفاعل PCR ، فأنت تقوم بعمل نسخ من تسلسل الحمض النووي المهم (cDNA في حالة النسخ العكسي ، نظرًا لأن الفيروسات القهقرية تحتوي على الحمض النووي الريبي كمادة وراثية). يُفترض أن يكون تسلسل الاهتمام في عينة تأخذها من المريض أو من كائن حي (أقول "مفترض" لأن PCR هو بالضبط لتأكيد ذلك). يتم عمل هذه النسخ من قبل مجموعة من الإنزيمات "العامة" تسمى بوليميراز ، وأعني من قبل العموميين أنهم لا يميزون على تسلسل الحمض النووي الذي ينسخونه. لكنهم لا يستطيعون نسخ الحمض النووي من جديد (من الصفر). يجب أن يتم "تحضير" عملية النسخ من خلال سلسلة قصيرة من النيوكليوتيدات التي تكون مكملة للحمض النووي ذي الأهمية. هذه تسمى بادئات ، وهي تعمل بشكل فعال كمجسات لاستهداف نسخ التسلسل المحدد الذي تحتاج إلى تضخيمه. وهذا هو المكان الذي يولي فيه العلماء اهتمامًا كبيرًا: التصميم التمهيدي. البادئات السيئة لن تكون محددة جدًا ، أو لن تكون فعالة جدًا أثناء عملية التضخيم. أما بالنسبة إلى "الآلة" التي تكتشف النسخ فعليًا ، فهناك العديد من المتغيرات. الأكثر استخدامًا في المعامل البحثية والتشخيصية ، يتضمن تلطيخ الحمض النووي المضخم ببعض الجزيئات التي تربط الأحماض النووية (التي يوجد الكثير منها) ، وتصورها عبر الرحلان الكهربائي للحمض النووي. ما تتخيله هو مجموعة من نسخ الحمض النووي (عن طريق التلوين الذي تصنعه) ، لذلك عليك أن تعرف مسبقًا ما يمكن توقعه. على سبيل المثال ، هل تتوقع جزءًا صغيرًا (بضع مئات من أزواج القاعدة) أو جزء كبير (بضعة آلاف؟). لديك "سلم" (يسمى أيضًا علامة) يمنحك مرجعًا للمقارنة ، كما في هذه الصورة:

يعرف الناس ما يمكن توقعه لأنهم يعرفون بالفعل تسلسل الحمض النووي (أو الحمض النووي الريبي) الذي يقومون بتضخيمه (وإلا لما كانوا ليصمموا البادئات المستهدفة). إنهم يعرفون التسلسل لأنهم أجروا شكلاً من أشكال تسلسل الحمض النووي (المعامل والمعاهد الصحية وهكذا ، افعلوا ذلك طوال الوقت وأودعوا التسلسلات في بعض المنصات ، على سبيل المثال GeneBank).

سيمنحك التضخيم "الإيجابي" نطاقًا في نطاق الحجم المتوقع ، ولا توجد نطاقات أخرى (لأن البادئات الخاصة بك تستهدف تسلسل DNA معين). ولكن كما ذكرت ، يوجد أيضًا تفاعل متعدد تفاعل البوليميراز المتسلسل. في ذلك ، تقوم بتصميم عدة بادئات لاستهداف تسلسلات مختلفة (باستخدام نفس عينة الحمض النووي - على سبيل المثال من مريض أو كائن حي -) ، لكن عملية التحقق هي نفسها في الأساس. هنا يكون الناس أكثر حرصًا على تجنب التفاعلات المتقاطعة بين البادئات المضافة إلى التفاعل.

PCR هي عائلة من التقنيات ، وليست واحدة. هناك اختلافات في العملية الفعلية ، وكذلك في "الكشف" (على سبيل المثال ، استخدامات qPCR في الوقت الحالى الكشف عن أرقام النسخ). لكن المبدأ العام هو نفسه: البادئات محددة ، في حين أن "جهاز الكشف" ليس كذلك حقًا.


مجموعة COVID-19 ONE-STEP RT-PCR

تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي (RT-PCR) هو متغير قياسي من تفاعل البوليميراز المتسلسل PCR يتكون من أشكال مكبرة من مرنا معين ، يتم الحصول عليه من عينات دقيقة. إنه يلغي متطلبات إجراء تنقية mRNA المرهق اللازم في ممارسات الاستنساخ التقليدية. في RT-PCR ، بالإضافة إلى كواشف PCR القياسية ، يتم استخدام النسخ العكسي وعينة RNA. يتم تسخين خليط التفاعل إلى درجة حرارة 37 درجة مئوية ، مما يسمح بإنتاج (كدنا) من عينة الحمض النووي الريبي من خلال آلية النسخ العكسي. هذا (كدنا) يتصلب إلى أحد البادئات مما يؤدي إلى تخليق الخيط الأول. يستمر PCR القياسي ، وينتج dsDNA.

يجب أن تتطابق المواد الأولية المستخدمة في الإجراء مع المشروع. تعتبر البادئات Oligo (dT) كافية في حالة الحاجة إلى تضخيم كامل الرنا المرسال للخلية لأنها تعلق على ذيول بولي (A). على العكس من ذلك ، إذا كانت هناك حاجة إلى تضخيم mRNA معين ، فيمكن استخدام مادة أولية خاصة بمنطقة التشفير.

RT-PCR هو إجراء تشخيص عام للفيروسات ، وغالبًا ما يتم دمجه مع PCR في الوقت الحقيقي الكمي (qPCR) ، والذي يستخدم على نطاق واسع لتقدير مستويات نسخ الحمض النووي الريبي في الخلايا والأنسجة. يشار إلى الجمع بين PCR في الوقت الحقيقي (qPCR) والنسخ العكسي PCR باسم RT-PCR الكمي أو qRT-PCR

ما هو Multiplex PCR؟

يشير تفاعل البوليميراز المتعدد المتسلسل إلى استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل لتضخيم العديد من متواليات الحمض النووي المختلفة في وقت واحد. تعمل هذه العملية على تضخيم الحمض النووي في العينات باستخدام عدة بادئات وبوليميراز DNA بوساطة درجة الحرارة في جهاز تدوير حراري.

مجموعة ميريل COVID-19 خطوة واحدة RT-PCR

نظرًا لتفشي فيروس كورونا الجديد (SARS-CoV-2) ، عملت Meril Diagnostics على نطاق واسع لتطوير مجموعة RT-PCR جديدة متعددة الإرسال في الوقت الفعلي من خطوة واحدة للسماح للمختبرات بتشخيص COVID-19 الناجم عن عدوى SARS-CoV-2 فحوصات سريعة وسهلة الاستخدام. إن مجموعة Meril Covid-19 خطوة واحدة Rt PCR عبارة عن مجموعة تشخيصية متعددة الإرسال سريعة وحساسة للغاية تحتوي على كل من المقايسات والضوابط اللازمة لاكتشاف PCR في الوقت الحقيقي لـ RNA من فيروس SARS-CoV-2.

إنه تفاعل متعدد تفاعل البوليميراز المتسلسل لأنبوب واحد لتحديد واكتشاف 2019-ncov. يعتمد مزيج Primer و Probe على تصميم الجين ثنائي الهدف ، الجينين التأكيديين ORF 1ab الجين وجين N للبروتين النووي للكشف عن Sars COV 2 في عينة بشرية ، مع دقة تحليلية تحليلية لـ & lt 5 نسخ / تفاعل RNA يجعل Meril COVID -19 خطوة واحدة RT_PCR Kit وهي مجموعة حساسة للغاية ومحددة للكشف عن SARS COV 2 RNA.

الطقم متوافق للغاية مع أدوات RT PCR ذات النهايات المفتوحة مع قنوات FAM و HEX / VIC و RED / ROX. إن البروتوكول السهل ، والحد الأدنى من وقت الفحص ، والخصوصية العالية والحساسية تجعله خيارًا مثاليًا لمختبرك للكشف عن المرضى المشتبه في إصابتهم بـ COVID 19.

مجموعة Meril COVID-19 RT-PCR المتوافقة مع الأنظمة الحيوية التطبيقية (ABI) 7500 و BioRad CFX 96 و Shanghai Hongshi SLAN-96P و QIAGEN Rotor Gene Q وغيرها من أدوات PCR المزودة بقنوات FAM و HEX / VIC و RED / ROX.

يقبل مزيج التمهيدي والمسبار لهذه المجموعة تصميم الجين ثنائي الهدف ، والذي يهدف إلى التسلسل المحفوظ بشكل خاص الذي يشفر جين ORF 1ab وجين N nucleoprotein. يمكن مراقبة تضخيم القالب و rsquos كميًا بواسطة إشارة التألق المتزايدة التي تم اكتشافها بواسطة أداة PCR في الوقت الحقيقي ، حيث يتم توفير مزيج تفاعل PCR بسهولة.

يتكون نظام الكشف عن تفاعل البوليميراز المتسلسل من مزيج داخلي تمهيدي ومسبار. توفر نتيجة الرقابة الداخلية عملية أخذ عينات واستخراج دقيقة لتجنب النتائج السلبية الكاذبة.

الاستخدام المقصود:

تم تصميم هذه المجموعة لاكتشاف مرض COVID-19 باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي. يمكن استخدام النتائج للمساعدة في تشخيص المرضى المصابين بعدوى COVID-19 ، وتوفير أساس التشخيص الجزيئي للمرضى المصابين.

يمكن استخدام مجموعة RT-PCR من قبل مختبرات الصحة العامة والسريرية لتقييم ما يصل إلى 94 عينة مريض بسرعة باستخدام مجموعة واحدة ، في غضون 3 ساعات. تمت الموافقة على هذه المجموعة للاستخدام مع الحمض النووي الريبي المأخوذ من مسحات البلعوم الأنفي ، وشفط البلعوم الأنفي (نضح الأنف) ، وغسل القصبات الهوائية (BAL) من المرضى المعرضين لخطر التعرض لفيروس SARS-CoV-2 أو ظهور علامات وأعراض COVID- 19.

النتائج هي للتعرف على الحمض النووي الريبي SARS-CoV-2. خلال المرحلة الحادة من العدوى ، عادة ما يكون الحمض النووي الريبي SARS-CoV-2 واضحًا في أي من العينات المذكورة أعلاه. تشير النتائج الإيجابية إلى وجود الحمض النووي الريبي SARS-CoV-2 ، وإن كان الارتباط السريري مع تاريخ المريض ومعلومات التشخيص الأخرى ضروريًا لتحديد مرحلة إصابة المريض. النتائج الإيجابية لا تستبعد العدوى البكتيرية أو الإصابة بالفيروسات الأخرى. قد لا يكون العامل المحدد هو السبب المحدد للمرض.
أيضًا ، لا تؤدي النتائج السلبية إلى استبعاد عدوى SARS-CoV-2 ، وبالتالي ، لا ينبغي استخدامها كأساس وحيد لتقرير إدارة المريض. يجب تجميع النتائج السلبية مع الملاحظات السريرية وتاريخ المريض والمعلومات الوبائية.

التقييم باستخدام مجموعة Meril COVID-19 One Step RT PCR مخصص للاستخدام من قبل أفراد مختبرات إكلينيكية مؤهلين ومدربين ، تم توجيههم وتدريبهم بشكل خاص على إجراءات تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي وإجراءات التشخيص في المختبر.

نتائج اختبار هذه المجموعة مخصصة للإشارة السريرية فقط ولا ينبغي استخدامها كمرجع وحيد للتشخيص السريري. يُقترح إجراء تحليل شامل من خلال الجمع بين نتائج الاختبار وأعراض المرضى والاختبارات المعملية الأخرى.


كيف تعمل اختبارات المستضد والجزيئات؟

تتطلب الفيروسات مضيفًا للنسخ المتماثل. يختطف الفيروس خلايا المضيف لإنتاج نسخ أكثر فيروسية من نفسه. المادة الجينومية لفيروس SARS-CoV-2 هي الحمض النووي الريبي (RNA) ، والذي يبقى في الجسم بينما لا يزال الفيروس يتكاثر ويتكاثر. تبحث الاختبارات التشخيصية عن دليل على عملية النسخ المتماثل هذه - حيث يتم تصنيع المزيد من الفيروسات - لتشخيص عدوى نشطة لـ COVID-19.

تكتشف الاختبارات التشخيصية للمستضد السمات الهيكلية للجزء الخارجي من الفيروس تسمى المستضدات - وهي بروتينات صغيرة تشكل الفيروس - والتي قد تكون موجودة في عينة المريض.

تعمل الاختبارات التشخيصية للمستضد من خلال:

  • العثور على أدلة أكبر على أن فيروس SARS-CoV-2 يصيب الشخص بشكل نشط
  • الكشف عن مستضدات محددة ثلاثية الأبعاد على السطح الخارجي لفيروس SARS-CoV-2

تعمل الاختبارات الجزيئية على تضخيم أجزاء من الحمض النووي الريبي الفيروسي بحيث يمكن اكتشاف العدوى الفيروسية باستخدام اختبار متخصص. ويشار إلى هذه الاختبارات أيضًا باسم اختبارات تضخيم الحمض النووي (NAAT). يبدأ الإجراء بأخذ عينة من أنف أو فم الشخص المحتمل إصابته بالعدوى (اللعاب) ، حيث يمكن العثور على الفيروس. إذا كان SARS-CoV-2 موجودًا في العينة ، فيمكن تضخيم حتى المستويات المنخفضة من المواد الجينومية للفيروس إلى ملايين النسخ التي تم اكتشافها خلال اختبار التشخيص الجزيئي. إذا أصيب شخص ما ، فسيتم الكشف عن الحمض النووي الريبي الفيروسي وإعطاء نتيجة اختبار إيجابية إذا لم يكن الشخص مصابًا ، فلن يتم نسخ أو اكتشاف الحمض النووي الريبي الفيروسي ، مما ينتج عنه نتيجة اختبار سلبية. يسمح تضخيم الإشارة باكتشاف كميات صغيرة من الفيروسات. تتضمن هذه الفئة من الاختبارات التشخيصية اختبارات تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) ، والتضخيم المتساوي الحرارة بوساطة الحلقة (LAMP) ، والمقايسات القائمة على التكرار المتناوب القصير (CRISPR) المجمعة والمتباعدة بانتظام. هناك مجموعة متنوعة من التشخيصات الجزيئية ، وبعضها يوفر نتائج أسرع من الطرق التقليدية القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل. تتضمن هذه الاختبارات الجزيئية السريعة LAMP ، والتي يمكن أن توفر نتائج في دقائق بدلاً من ساعات. الاختبارات الجزيئية السريعة التي تستخدم تقنيات مثل LAMP محددة للغاية ، ولكنها أيضًا حساسة للغاية لأنها تضخم المادة الجينومية في عينة المريض. الأهم من ذلك ، ليست كل الاختبارات التشخيصية السريعة هي اختبارات مستضد - بعضها عبارة عن اختبارات جزيئية سريعة حساسة للغاية ولكنها تقدم نتائج في غضون دقائق.

تعمل الاختبارات التشخيصية الجزيئية عن طريق:

  • الكشف عن أن فيروس SARS-CoV-2 يصيب الشخص بشكل نشط
  • إنشاء ملايين النسخ من أجزاء صغيرة من فيروس SARS-CoV-2 ، إذا كان موجودًا في عينة المريض ، مما يؤدي إلى تضخيم الإشارة
  • الكشف عن تلك الملايين من النسخ على أجهزة متخصصة

اختبار عدوى SARS-CoV-2

يتم استخدام العديد من فئات الاختبارات للكشف عن SARS-CoV-2 و 1 وتختلف خصائص أدائها.

  • تقدم بعض الاختبارات نتائج سريعة (في غضون دقائق) والبعض الآخر يتطلب وقتًا للمعالجة.
  • يجب إجراء بعضها في المختبر بواسطة موظفين مدربين ، ويمكن إجراء بعضها في نقطة الرعاية ، ويمكن إجراء البعض الآخر في المنزل.
  • بعض الاختبارات حساسة للغاية (على سبيل المثال ، بعض النتائج السلبية الخاطئة أو القليل من الاكتشافات الفائتة لـ SARS-CoV-2) والبعض الآخر محدد للغاية (على سبيل المثال ، بعض النتائج الإيجابية الكاذبة أو القليل من الاختبارات التي تحدد بشكل غير صحيح SARS-CoV-2 عندما لا يكون الفيروس كذلك الحاضر) وبعضها حساس ومحدد.
  • يمكن إجراء بعض الاختبارات بشكل متكرر لأنها أقل تكلفة وأسهل في الاستخدام ومستلزماتها متاحة بسهولة.

يجب أن يعتمد اختيار وتفسير اختبارات SARS-CoV-2 على السياق الذي يتم استخدامه فيه ، بما في ذلك انتشار SARS-CoV-2 في السكان الذين يتم اختبارهم (انظر الجدول 1) والحالة (العلامات والأعراض ، جهات الاتصال) للشخص الذي يجري اختباره.

أنواع الاختبار

الاختبارات الفيروسية، بما في ذلك اختبارات تضخيم الحمض النووي (NAATs) واختبارات المستضد المستخدمة كاختبارات تشخيصية كشف العدوى مع SARS-CoV-2 ولإبلاغ الرعاية الطبية للفرد و rsquos. يمكن أيضًا استخدام الاختبارات الفيروسية كاختبارات فحص لتقليل انتقال فيروس SARS-CoV-2 عن طريق تحديد الأشخاص المصابين الذين يحتاجون إلى العزلة عن الآخرين. راجع قائمة FDA & rsquos للأيقونة الخارجية لتراخيص استخدام الطوارئ في التشخيص المختبري لمزيد من المعلومات حول أداء الاختبارات المصرح بها.

    تعد NAATs ، مثل تفاعل النسخ العكسي في الوقت الفعلي والبوليميراز المتسلسل (RT-PCR) ، اختبارات عالية الحساسية وعالية الخصوصية لتشخيص عدوى SARS-CoV-2. تكتشف NAATs واحدًا أو أكثر من جينات الحمض النووي الريبي الفيروسي (RNA) وتشير إلى وجود عدوى حالية أو عدوى حديثة ، ولكن نظرًا لاكتشاف الحمض النووي الريبي الفيروسي لفترات طويلة ، فهي ليست دائمًا دليلًا مباشرًا على وجود فيروس قادر على التكاثر أو الانتقال إلى الآخرين. تحتاج معظم NAATs إلى المعالجة في المختبر ويمكن أن يختلف وقت النتائج (

التفسير الصحيح للنتائج من كل من اختبار المستضد و NAATs التأكيدي ، عند الإشارة إليه ، مهم.

نتائج الاختبار الإيجابية السماح بتحديد وعزل الأشخاص المصابين ، وكذلك مقابلة الحالة لتحديد وإخطار الحالة و rsquos عن قرب (جهات الاتصال) من التعرض والحاجة إلى الحجر الصحي.

نتائج الاختبار السلبي لدى الأشخاص المعروفين بالتعرض لـ SARS-CoV-2 لا تشير إلى أي دليل حالي على الإصابة. تمثل هذه النتائج لقطة للوقت حول جمع العينات ويمكن أن تتغير إذا تم إجراء الاختبار نفسه مرة أخرى في يوم واحد أو أكثر. يجب على الأفراد غير المحصنين الذين كانت النتيجة سلبية لهم الاستمرار في الحجر الصحي لمدة 14 يومًا أو للفترة التي تحددها سلطات الصحة العامة المحلية. لا يحتاج الأشخاص الذين تم تطعيمهم بالكامل ولا يعانون من أعراض تشبه COVID إلى الحجر الصحي أو اختبارهم بعد التعرض لشخص مصاب بـ COVID-19 مشتبه به أو مؤكد ، لأن خطر الإصابة به منخفض. للحصول على إرشادات حول الحجر الصحي واختبار الأشخاص الذين تم تطعيمهم بالكامل ، قم بزيارة توصيات الصحة العامة المؤقتة للأشخاص الذين تم تطعيمهم بالكامل للحصول على مزيد من المعلومات.

اختبار سلبي النتائج في الأشخاص الذين ليس لديهم أعراض ولا يشير التعرض المعروف إلى عدم وجود عدوى. يجب أن يتلقى جميع الأشخاص الذين يتم اختبارهم ، بغض النظر عن النتائج ، المشورة بشأن استمرار سلوكيات الحد من المخاطر التي تساعد في منع انتقال فيروس SARS-CoV-2 (على سبيل المثال ، ارتداء الأقنعة ، والتباعد الجسدي ، وتجنب الازدحام والأماكن سيئة التهوية).

اختبارات الأجسام المضادة (أو الأمصال) تستخدم للكشف عن العدوى السابقة بـ SARS-CoV-2 ويمكن أن تساعد في تشخيص متلازمة الالتهاب متعدد الأنظمة لدى الأطفال (MIS-C) والبالغين (MIS-A) 2. لا يوصي مركز السيطرة على الأمراض باستخدام اختبار الأجسام المضادة لتشخيص العدوى الحالية. اعتمادًا على الوقت الذي أصيب فيه شخص ما وتوقيت الاختبار ، قد لا يكتشف الاختبار الأجسام المضادة في شخص مصاب بعدوى حالية. بالإضافة إلى ذلك ، لا يُعرف حاليًا ما إذا كانت نتيجة اختبار الأجسام المضادة الإيجابية تشير إلى وجود مناعة ضد السارس - CoV-2 ، وبالتالي ، في هذا الوقت ، لا ينبغي استخدام اختبارات الأجسام المضادة لتحديد ما إذا كان الفرد محصنًا ضد الإصابة مرة أخرى. يتم استخدام اختبار الأجسام المضادة لمراقبة الصحة العامة والأغراض الوبائية. نظرًا لأن اختبارات الأجسام المضادة يمكن أن يكون لها أهداف مختلفة على الفيروس ، فقد تكون هناك حاجة لاختبارات محددة لتقييم الأجسام المضادة التي نشأت من عدوى سابقة مقابل تلك الناتجة عن التطعيم. لمزيد من المعلومات حول لقاحات COVID-19 ونتائج اختبارات الأجسام المضادة ، راجع الاعتبارات السريرية المؤقتة لاستخدام لقاحات mRNA COVID-19 المصرح بها حاليًا في الولايات المتحدة.

نظرة عامة على سيناريوهات الاختبار

الاختبارات التشخيصية يهدف إلى تحديد العدوى الحالية لدى الأفراد ويتم إجراؤها عندما يكون لدى الشخص علامات أو أعراض تتوافق مع COVID-19 ، أو عندما يكون الشخص بدون أعراض ولكن لديه تعرضًا معروفًا أو مشتبهًا به مؤخرًا لـ SARS-CoV-2.

تشمل أمثلة الاختبارات التشخيصية ما يلي:

  • اختبار الأشخاص الذين لديهم أعراض تتوافق مع COVID-19 والذين يقدمون إلى مقدم الرعاية الصحية الخاص بهم
  • اختبار الأشخاص نتيجة جهود تعقب المخالطين
  • اختبار الأشخاص الذين يشيرون إلى أنهم تعرضوا لشخص لديه حالة مؤكدة أو مشتبه بها من COVID-19
  • اختبار الأشخاص الذين حضروا حدثًا تم فيه تأكيد إصابة شخص آخر بـ COVID-19 لاحقًا

اختبارات الفحص تهدف إلى تحديد الأشخاص المصابين الذين لا تظهر عليهم أعراض والذين لم يعرفوا أو يشتبهوا أو يبلغوا عن تعرضهم لـ SARS-CoV-2. يساعد الفحص على تحديد الحالات غير المعروفة بحيث يمكن اتخاذ تدابير لمنع المزيد من الانتقال.

تشمل أمثلة الفحص ما يلي:

  • اختبار الموظفين في مكان العمل
  • اختبار الطلاب وأعضاء هيئة التدريس والموظفين في المدرسة أو الجامعة
  • اختبار الشخص قبل السفر أو بعده
  • إجراء اختبار في المنزل لشخص ليس لديه أعراض مرتبطة بـ COVID-19 ولا يوجد تعرض معروف لشخص مصاب بـ COVID-19

مراقبة الصحة العامة يهدف إلى مراقبة عبء المرض على مستوى السكان ، أو توصيف حدوث وانتشار المرض. يستخدم اختبار المراقبة في المقام الأول للحصول على المعلومات على مستوى السكان ، وليس على المستوى الفردي. لا يتم الإبلاغ عن نتائج اختبار المراقبة إلى الفرد. على هذا النحو ، لا يمكن استخدام اختبار المراقبة لاتخاذ قرارات الرعاية الصحية الفردية أو إجراءات الصحة العامة الفردية مثل العزل أو الحجر الصحي.

مثال على اختبار المراقبة هو مراقبة مياه الصرف الصحي.

اختيار الاختبار

عند اختيار الاختبار المراد استخدامه ، من المهم فهم الغرض من الاختبار (على سبيل المثال ، التشخيص والفحص) ، والأداء التحليلي للاختبار في سياق مستوى انتقال المجتمع ، والحاجة إلى نتائج سريعة ، واعتبارات أخرى (انظر الجدول 1). على سبيل المثال ، حتى اختبار مستضد عالي التحديد قد يكون له قيمة تنبؤية إيجابية ضعيفة (أي عدد كبير من الإيجابيات الخاطئة) عند استخدامه في مجتمع يكون انتشار العدوى فيه منخفضًا. كمثال إضافي ، قد يؤدي استخدام NAAT القائم على المختبر في مجتمع مع ارتفاع معدل انتقال العدوى وزيادة الطلب على الاختبار إلى تأخيرات في التشخيص بسبب وقت المعالجة ووقت إرجاع النتائج. تختلف القيم التنبؤية الإيجابية والسلبية لاختبارات NAAT ومستضد اعتمادًا على احتمال الاختبار القبلي. يأخذ الاحتمال الأولي بعين الاعتبار كل من انتشار مستوى الانتقال المجتمعي وكذلك السياق السريري للفرد الذي يتم اختباره. تتوفر معلومات إضافية عن الحساسية والنوعية والقيم التنبؤية الإيجابية والسلبية لاختبارات المستضد واختبارات الأجسام المضادة وللعلاقة بين احتمال الاختبار القبلي واحتمال القيم التنبؤية الإيجابية والسلبية. راجع أيضًا رسائل FDA و rsquos إلى طاقم المختبر السريري ومقدمي الرعاية الصحية حول احتمالية حدوث نتائج إيجابية كاذبة مع الرمز الخارجي لاختبارات المستضد واحتمالية حدوث نتائج سلبية كاذبة مع الاختبارات الجزيئية في حالة حدوث متغير جيني للأيقونة الخارجية لـ SARS-CoV-2 في جزء من الجينوم الفيروسي الذي تم تقييمه بواسطة الاختبار.

يلخص الجدول 1 بعض خصائص NAATs واختبارات المستضد التي يجب مراعاتها في برنامج الاختبار. يُسمح لمعظم اختبارات المستضد التي تلقت EUA من رمز خارجي للأيقونة الخارجية من إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) باختبار الأشخاص الذين يعانون من أعراض خلال أول 5 أو 7 أو 12 أو 14 يومًا من ظهور الأعراض. نظرًا لخطر انتقال فيروس SARS-CoV-2 من الأشخاص الذين لم تظهر عليهم أعراض والذين يعانون من عدوى SARS-CoV-2 ، يمكن النظر في استخدام اختبارات المستضد في الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض. قدمت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية قائمة بالأسئلة الشائعة لمقدمي الرعاية الصحية الذين يستخدمون الاختبارات التشخيصية في فحص الأفراد الذين لا يعانون من أعراض. مدة حالة الطوارئ الصحية العامة لـ COVID-19 بموجب تعديلات تحسين المختبرات السريرية لعام 1988 (CLIA). يجب أن تمتلك المختبرات التي تقوم بإجراء فحص أو اختبار تشخيص لـ SARS-CoV-2 شهادة CLIA وتفي بالمتطلبات التنظيمية. يمكن إجراء الاختبارات التي حصلت على EUA من FDA لاستخدام نقطة الرعاية (POC) بشهادة تنازل من CLIA.


اختبارات المستضد

يمكن لاختبارات المستضد أن تحول النتائج في دقائق ، وتأتي سرعة mdashbut مع المفاضلات.

مثل اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل ، تتطلب اختبارات المستضد عادة مسحة من الأنف أو الحلق. ولكن على عكس اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل ، التي تبحث عن مادة وراثية من فيروس SARS-CoV-2 ، فإن اختبارات المستضد تبحث عن البروتينات التي تعيش على سطح الفيروس & # 8217. هذه العملية تتطلب عمالة أقل قليلاً من اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل ، نظرًا لعدم وجود قدر كبير من الكيمياء ، ولكنها أيضًا أقل حساسية. يقول ميهتا إن هذا يفتح الباب أمام الإيجابيات الخاطئة المحتملة (إذا التقط الاختبار البروتينات التي تبدو مشابهة لتلك الموجودة في SARS-CoV-2) أو السلبيات (إذا كان يفتقد البروتينات تمامًا). الإيجابيات الكاذبة نادرة في اختبارات المستضد ، ولكن ما يصل إلى نصف النتائج السلبية غير دقيقة. إذا كانت نتيجة الاختبار سلبية ولكن ظهرت عليك أعراض أو تعرضت لمخاطر ، فقد يطلب طبيبك إجراء اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل لتأكيد النتيجة.

بينما أصبح اختبار المستضد أكثر شيوعًا في الولايات المتحدة ، تمت الموافقة على عدد قليل فقط من هذه الاختبارات من قبل إدارة الغذاء والدواء حتى الآن. كما هو الحال مع الاختبارات الجينية السريعة ، يجادل بعض الخبراء بأن اختبارات المستضدات سريعة الحركة يمكن أن تساعد في تخفيف اختناقات الاختبار بما يكفي للتعويض عن دقتها المنخفضة.


RT-PCR كطريقة تشخيصية في الخطوط الأمامية لتشخيص COVID-19

تعد مناهج التشخيص الجزيئي مناسبة بالمقارنة مع مناهج اختبار المتلازمات الأخرى لأن التشخيص الجزيئي يستهدف الجينوم أو بروتين العامل الممرض ، مما يجعله طريقة تشخيصية محددة وموثوقة (Zhou et & # xa0al.، 2020b). للحصول على تسلسل جديد لمسببات الأمراض وتشخيصها ، يصبح من الضروري التعرف على طبيعة العامل الممرض وتكوينه الجينومي. لعبت استراتيجيات التضخيم العشوائي والتسلسل العميق دورًا مهمًا في التعرف المبكر على فيروس SARS-CoV-2 ، والذي تم تأكيد أنه عضو في عائلة الفيروس التاجي. عبر مناهج مختلفة للمعلوماتية الحيوية (Briese et & # xa0al. ، 2014). باستخدام التسلسل الميتاجينومي ، تم إجراء التسلسل الجيني الأول لـ SARS-CoV-2 (Miller et & # xa0al.، 2019 Sheridan 2020a). في 10 يناير 2020 ، تم الإعلان عن النتائج وتقديم التسلسلات إلى مستودع تسلسل GenBank (Wu et & # xa0al. ، 2020). سهّل إصدار تسلسل الجينوم الكامل لـ SARS-CoV-2 إلى قواعد البيانات العامة على العلماء تصميم بادئات وتحقيقات لإجراء التشخيص المختبري لـ COVID-19 (Corman et & # xa0al. ، 2020). بعد التعرف على هذا الفيروس ، أوصت منظمة الصحة العالمية بتفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي في الوقت الحقيقي (RT-PCR) ، وهي تقنية تعتمد على الحمض النووي ، كنهج تشخيصي في الخطوط الأمامية للكشف عن عدوى SARS-CoV-2 في المرضى المشتبه بهم. يعتبر تفاعل البوليميراز المتسلسل (RT-PCR) حساسًا للغاية ويمكنه اكتشاف العدوى عند مستويات دقيقة من العوامل الممرضة الموجودة في عينة المريض. إنها تقنية تعتمد على الحمض النووي تُستخدم لتضخيم الجين المستهدف / النوكليوتيد الموجود في العينة ، مما يساعد في اكتشاف مسببات الأمراض المحددة وتمييزه عن مسببات الأمراض الأخرى ذات الصلة. عادة ما تكون هناك طريقتان محتملتان لأداء RT-PCR بما في ذلك الفحص من خطوة واحدة أو الفحص من خطوتين. تدمج خطوة واحدة النسخ العكسي وتضخيم PCR في أنبوب واحد ، مما يجعل عملية الكشف سريعة وقابلة للتكرار ، ومع ذلك ، يوفر هذا الاختبار جيلًا أمبليكون هدفًا أقل. في حالة الاختبار المكون من خطوتين ، يتم إجراء التفاعلات بالتتابع في أنبوبين منفصلين مما يجعلها تستغرق وقتًا طويلاً ، ولكنها اختبار حساس مقارنة بتنسيق الفحص أحادي الخطوة (Wong and Medrano ، 2005).

على الرغم من اعتماد أحد عشر بروتوكولًا قائمًا على الحمض النووي وثمانية مجموعات للكشف عن الأجسام المضادة من قبل الإدارة الوطنية للمنتجات الطبية (NMPA) في الصين ، فقد تم اعتبار تفاعل البوليميراز المتسلسل كأسلوب تشخيصي مفضل. تستخدم المراكز الأمريكية لمكافحة الأمراض والوقاية منها (CDC) تنسيق PCR من خطوة واحدة لتشخيص COVID-19 (https://www.fda.gov/media/134922/download). يتم إجراء الاختبار عن طريق عزل الحمض النووي الريبي من العينة والإضافة إلى المزيج الرئيسي الذي يحتوي على بادئات أمامية وعكسية ، وماء خالٍ من نوكلياز ، وخليط تفاعل (النسخ العكسي ، والبوليميراز ، والنيوكليوتيدات ، والمغنيسيوم والمواد المضافة الأخرى). يتم تحميل جهاز التدوير الحراري PCR بـ RNA المستخرج و Mastermix ، ويتم ضبط درجة الحرارة لتشغيل تفاعل PCR (https://www.fda.gov/media/134922/download). يولد انشقاق مسبار تقطير الفلور أثناء هذا التفاعل إشارة مضان يتم اكتشافها بواسطة جهاز التدوير الحراري ، ويتم تسجيل تقدم التضخيم. يجب تضمين الضوابط الإيجابية والسلبية عند تشغيل أي تفاعل RT-PCR ، مما يجعل تفسير النتائج سهلاً وصارمًا (Chan et & # xa0al. ، 2020). يمكن لـ RT-PCR وبعض مجموعات التشخيص المستندة إلى المستشعر الحيوي اكتشاف نيوكليوتيدات SARS-CoV-2 في عينات البراز أو مياه الصرف الصحي التي يمكن أن تكون تحذيرًا من تفشي الأمراض المعدية في منطقة معينة. يمكن أن يعيش SARS-CoV-2 من ساعات إلى أيام في مياه الصرف الصحي غير المعالجة (Orive et & # xa0al. ، 2020).

يعتبر RT-PCR أداة كشف حساسة وسريعة في التشخيص الجزيئي. يمكنه اكتشاف وتضخيم حتى بضع نسخ من التسلسل الجيني المحدد في مجموعة متنوعة من العينات ، ولكنه يعتمد على جوانب معينة لتقديم نتائج موثوقة مثل التجميع المناسب ، والنقل ، والتخزين ، ومعالجة العينات (أفضل ، 2020). تم استخدامه للكشف عن الفيروسات المتنوعة مثل Adenovirus و Rotavirus و Astroviruses والعديد من الفيروسات المعوية المعزولة من عينات البراز (Kowada et & # xa0al. ، 2018). العيب الرئيسي لهذه التقنية هو الحاجة إلى مختبر مجهز جيدًا وموظفين تقنيين للتعامل مع التجربة ، والتي لا يمكن أن تخفف من الطلب المتزايد للاختبار السريع أثناء حالات الوباء مثل COVID-19 (Bustin and Nolan ، 2004). تعد مجموعات RT-PCR باهظة الثمن وتستغرق وقتًا طويلاً لتحقيق النتائج ، مما يجعل من الضروري البحث عن طرق تشخيص سريعة وموثوقة أخرى (Hofman et & # xa0al.، 2020 Sheridan 2020b).


بقلم راشيل ويست وجيجي كويك جرونفال وأماندا كوبوكوفيتش & # 160 | 2 فبراير 2021

قبل بضعة أشهر ، كانت المخاوف بشأن الاختبارات التشخيصية لـ COVID-19 تتعلق في الغالب بتوافر الاختبار وما إذا كانت النتائج ستعود في وقت قريب بما يكفي لإحداث فرق في الصحة العامة.

الآن ، زادت متغيرات SARS-CoV-2 الناشئة وحملات التطعيم ضد COVID-19 من تعقيد اختبار COVID-19. ويتساءل الكثيرون عما إذا كانت الاختبارات ستشخص بدقة العدوى بسلالة متغيرة من SARS-CoV-2 ، وما إذا كانت سيؤدي التطعيم إلى نتائج غير دقيقة مع اختبار تشخيصي أو مصلي. الخبر السار هو أن معظم الاختبارات التشخيصية المستخدمة الآن ستظل دقيقة مع السلالات المتغيرة ، ويجب ألا يتداخل التطعيم مع اختبارات التشخيص أو اختبارات الأجسام المضادة. ومع ذلك ، فإن الحفاظ على دقة الاختبار التشخيصي هو سبب آخر يجعل مراقبة المتغيرات الجديدة من SARS-CoV-2 مهمة للغاية ، ولماذا يجب علينا المضي قدمًا في برامج التطعيم بأسرع ما يمكن. مع تزايد المخاوف بشأن نتائج الاختبار ومدى ارتباطها بالتطعيمات ، من المهم فهم دقة الاختبار وأهميته.

متغيرات SARS-CoV-2 والتشخيص الجزيئي: هل ما زالت دقيقة؟

تنتشر متغيرات SARS-CoV-2 على نطاق واسع في 37 دولة على الأقل ، بما في ذلك الولايات المتحدة. تتضمن المتغيرات المعينة المثيرة للقلق ، والتي تبدو أكثر قابلية للانتقال ، B.1.1.7 ، المتسلسلة أصلاً في المملكة المتحدة ، و 501Y.V2 ، المتسلسلة أصلاً في جنوب إفريقيا. يثير ظهور هذه المتغيرات مخاوف بشأن اختبارات التشخيص الجزيئي التي يمكن استخدامها لتحديد عدوى SARS-CoV-2 إذا كان للمتغير تسلسل جيني مختلف في المنطقة التي تم فحصها بواسطة الاختبار ، فلن يقوم بتشخيص SARS-CoV-2 ، ومن المحتمل مما يؤدي إلى نتيجة سلبية خاطئة. في الواقع ، كان التحديد الأولي لـ B.1.1.7 جزئيًا بسبب مشكلة اختبار تشخيصية تسمى فشل هدف الجين S. يثير هذا الفشل الفني التساؤل حول قدرة التشخيص الجزيئي المستخدم حاليًا على تحديد عدوى SARS-CoV-2 المستقبلية بشكل موثوق. يحتوي كلا النوعين من المتغيرات المثيرة للقلق على طفرات في بروتين السنبلة ، بما في ذلك الموضع N501Y في كلاهما و Δ69 / 70 في B.1.1.7. أصدرت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) بالفعل تحذيرات من فشل الهدف المحتمل في الاختبارات التالية: مجموعة TaqPath COVID-19 Combo Kit من Thermo Fisher Scientific ، واختبار Accula SARS-CoV-2 بواسطة Mesa Biotech ، ومجموعة Linea COVID-19 Assay بواسطة Accula.

نظرًا لتنوع واتساع الاختبارات المتاحة حاليًا ، لا يزال من الممكن استخدام معظم الاختبارات التشخيصية بشكل موثوق لتشخيص السلالات المتغيرة. استنادًا إلى البيانات المتاحة للجمهور وتتبع 246 تشخيصًا جزيئيًا لديها ترخيص استخدام طارئ من إدارة الغذاء والدواء (EUA) ، فإن غالبية الاختبارات التشخيصية (85.4٪) لها أهداف غير ذلك الجين السنبلة ، لذلك يجب أن يظلوا فعالين لهذه المتغيرات ، ولن ينتجوا اختبارًا "فاشلاً" إذا كانت العدوى ناتجة عن متغير به طفرات في الجين الشائك. من بين 14.6٪ المتبقية من الاختبارات ، لدى 7.3٪ أهداف متعددة داخل جينوم SARS-CoV-2 بالإضافة إلى الجين الشائك ، مثل جينات ORF1ab و N ، لذلك يجب أن يستمروا في تحقيق نتائج دقيقة. علاوة على ذلك ، فإن غالبية (90.1٪) من اختبارات المستضدات السريعة باستخدام EUA تكتشف بروتين نوكليوكابسيد ، بدلاً من بروتين سبايك ، لذلك يجب ألا تتأثر. وتجدر الإشارة إلى أن 5.7٪ من الاختبارات ليس لها هدف جيني محدد بوضوح ، ولكن قد يتم تخزينه كمعلومات ملكية. من بين الاختبارات الأربعة التي تستهدف الجين S وحده ، لم يتضح بعد ما إذا كانت هذه الاختبارات ستحدد فردًا مصابًا بتسلسل تمهيدي متغير ينبغي مقارنته بالتسلسلات المتغيرة من قبل الشركة المصنعة لفحص الحساسية التحليلية. & # 160 للمضي قدمًا ، سيكون أمرًا حيويًا لمراقبة الإشعارات الواردة من إدارة الغذاء والدواء بشأن فعالية اختبارات التشخيص EUA ، ومتابعة حالات فشل الاختبار للتحقيق في تأثيرات المتغيرات المحتملة. يجب أن يظل منظمو مراكز اختبار COVID-19 على علم بأي تغييرات محتملة لاختبار الفعالية التي قد تؤثر على عملياتهم أو اتفاقيات الشراء.

The current diversity of molecular diagnostics targets bodes well for the ability to identify SARS-CoV-2 infections of future variants, but also underscores the importance of widespread, regular sequencing of clinical samples. CDC is increasing surveillance of SARS-CoV-2 samples to understand the spread of the current variants as well as future variants. Test target failure or negative results with clinical symptoms should be accompanied by sequencing to understand if failures are due to sequence divergence. Cataloguing the genomic targets of SARS-CoV-2 diagnostics will be important to understand testing limitations now, as well as in the future should new variants arise.  

After vaccination, will the accuracy of diagnostic and serology tests change?

Vaccination against SARS-CoV-2 will not result in a positive diagnostic test. The Moderna and Pfizer/BioNTech vaccines consist of non-replicating mRNA, so the maximum level of SARS-CoV-2 specific mRNA a vaccine recipient will have is the small amount present in the vaccine. In a SARS-CoV-2 infection, the virus replicates so that mRNA levels increase to much higher levels and persist for weeks. In addition, both EUA vaccines contain mRNA specific to the spike gene of the SARS-CoV-2 virus. The majority of diagnostics target multiple genes other than spike, if they target spike protein at all. Therefore, vaccination with an mRNA vaccine will not result in a positive diagnostic test.

People who have been vaccinated may be interested in getting a serology test, to see if the vaccine “worked,” but a vaccinated person is very likely to get a negative result from a serology test, even if the vaccine was successful and protective. Serology tests are typically used to determine whether a person has been exposed to SARS-CoV-2 in the past and developed antibodies against the virus. Different serology tests detect antibodies to different parts of the virus, but after vaccination with Pfizer and Moderna vaccines, the antibodies formed will only be to one part of the virus: the spike protein. Some serology tests do not detect antibodies specific to spike protein at all, while others are specific for antibodies that target regions within the spike protein (like the receptor binding domain, or RBD). For example, the Roche Elecsys Anti-SARS-CoV-2 S assay detects antibodies to spike RBD, while the the Platelia SARS-CoV-2 Total Ab assay from Bio-Rad detects antibodies to the nucleocapsid protein. Commercially available serology tests should not be used to seek a positive antibody result after vaccination given the differences in vaccine targets, and current EUAs do not authorize individual serology testing for measuring vaccine efficacy. Therefore, a negative serology test after vaccination does not necessarily mean the vaccine failed and reinforces that serology tests should not be used for this purpose. To understand if vaccination stimulated an antibody response, a test specifically designed for the antibodies of interest would need to be used.

While the diagnostic testing news is good for now-- infections by current SARS-CoV-2 variants are likely to be detected by  tests on the market-- it is important to increase surveillance and monitor the emergence of future variants, which may be more problematic. Thankfully, the Biden administration’s plan includes expansion of testing and increased genomic surveillance--two goals that can work hand in hand to monitor SARS-CoV-2 spread and inform public health interventions. It will be vital to implement surveillance and test performance monitoring quickly, so that emerging variants that may impact therapeutics and vaccines are detected and addressed in real time.

Rachel West, PhD, is a post-doctoral associate with the Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Molecular Microbiology and Immunology.

Gigi Kwik Gronvall, PhD is a senior scholar and associate professor with the Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Environmental Health and Engineering.

Amanda Kobokovich, MPH is a senior analyst and research associate with the  Center for Health Security and the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Environmental Health and Engineering.


The Science of SARS-CoV-2 Testing: What Tests Are Available and What This May Mean for You

COVID-19 testing equips individuals with the information they need to protect themselves and others, and arms public health professionals with data that can inform response efforts.

Recently, leadership across NIH articulated why widespread testing is necessary, important, and achievable. Equally important is understanding the different types of testing available. As a leader and pioneer in the development of clinical data standards, NLM supports the electronic exchange of clinical health information data, including those related to COVID-19 testing, for approved purposes and with appropriate privacy protections.

Three types of testing are available to identify COVID-19 (the disease caused by the SARS-CoV-2 virus).

1) Nucleic acid amplification tests (NAAT), also called molecular tests, detect the virus’s genetic material

2) Antigen tests detect parts of specific proteins produced by the virus and

3) Antibody tests detect COVID-19 antibodies in the blood (serum) that infected people develop to fight off the virus.

NAAT tests are dependent upon a method used to multiply the relatively few copies of viral nucleic acid that might be present in a specimen into a very large number of copies — making it much easier detect the virus. At present, most NAAT tests use an amplification method called polymerase chain reaction (PCR).

PCR uses small segments of DNA, called primers, to pick out the DNA that it needs to multiply. The PCR instruments process the sample in repeated cycles of heating and cooling. During each cycle, the number of copies of the targeted nucleic acid doubles. From a few original copies, it can generate up to a billion new copies to make the virus easier to ارى in the final detection step.

The FDA recently authorized a different NAAT test method called loop-mediated isothermal amplification (LAMP). This test method warms the sample to a constant temperature and uses six different primers to drive the replication of different segments of the novel coronavirus’s genome. It does not require multiple cycles of heating and cooling. By many accounts, this method is faster and easier to use than real-time PCR. Other methods of COVID-19 detection are under development.

Different SARS-CoV-2 NAAT testing products target different parts of the virus, use different primers to start the PCR reaction, apply to different specimens, and differ in the ability to detect the virus.

The primary methods for collecting a sample are through nasal, throat, and saliva (spit). Nasopharyngeal (NP) samples are believed to be the most sensitive for detecting the virus, but pushing the swab through the nostril into the nasopharynx at the base of the skull can be uncomfortable. The collection of other samples from nasal swabs and saliva can be easier on the person being tested and are becoming increasingly accessible.

The spread of SARS-CoV-2 is particularly challenging to manage because people can be contagious and spread the infection to others, even before they begin to show symptoms. NAAT tests can sometimes detect the virus in early stages before symptoms appear, but not always, and do not necessarily turn positive immediately with the onset of symptoms.

One strategy with NAAT tests involves the use of pooled samples. Pooled sampling involves mixing several samples together in a batch, or pooled sample, then analyzing the pooled sample with a diagnostic test. If the test on the pooled specimen is negative, then all the individuals who contributed to the pool are considered negative for COVID-19. If the pooled sample is positive, the lab must run separate tests on each of the samples to determine who is positive and who is negative. When the prevalence of COVID-19 in a population is low (in the 1-2% range), the total number of tests needed is reduced, and an organization’s testing capacity increases.

Antigen tests for COVID-19 detect the presence of a protein that is part of the SARS-CoV-2 virus. Today, the NP and mid-nasal samples are the primary sampling methods used for antigen testing, but the development of antigen tests for saliva are underway.

Antigen tests are relatively inexpensive and provide results almost immediately. These tests perform best in the early days after an infection begins. While they are not as sensitive as NAAT tests, some have suggested that repeated testing with a fast, although less sensitive test, may do more to help end the epidemic more quickly than perfect tests done infrequently.

Antibody SARS-CoV-2 tests detect the antibodies, or the “virus fighting proteins”, that a person’s immune system produces to fight infection. Antibody testing is generally done on the serum component of a blood sample. Antibodies may appear just a week or so after symptoms of SARS-CoV-2 infection appear. Antibody tests are not used to diagnose an active COVID-19 infection however, they are useful for detecting whether someone has had a past infection.

Two different kinds of antibodies can be measured: IgM (immunoglobulin M) and IgG (immunoglobulin G). IgM antibodies appear early after infection (usually after the first week or so). Somewhat later, IgG antibodies, a more durable antibody, is produced. Today, there is no clear advantage of IGM or IgG antibody testing and not everyone will develop antibodies after a known COVID-19 infection. Importantly, scientists do not know how well or for how long antibody levels might protect someone against a future infection.

All three types of tests can be evaluated locally with a point-of-care (POC) machine or sent to laboratory for processing (in-lab testing). POC tests are carried out in close proximity to a patient and typically take 5-15 minutes, but only one or a handful of samples can be processed at a time. Not all POC machines have the capability to communicate electronically to public health and other reporting systems. In-lab testing machines can process hundreds of samples at time and, with the right safeguards, can deliver results electronically to patients, providers and public health reporting systems. However, in-lab testing has built-in delays due to its batch testing nature and the time it can take to deliver samples to laboratories.

There are many opportunities for innovation in testing methods to improve upon the efficiency, specificity, and scalability of currently available tests. Having a good set of well performing tests for SARS-CoV-2 is very important, but we also need to be able to deliver the results of such tests accurately and quickly (electronically) to the responsible care providers and to public health authorities.

To facilitate electronic delivery of such content, NLM has long supported the development of formal health care terminologies including LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes), RxNorm, along with SNOMED CT, and more recently, communication structures such as HL7 FHIR (R) . These capabilities are especially important during this time of COVID-19. In the last six months, the FDA has authorized more than 80 SARS-CoV-2 test products for emergency use, the CDC has defined a COVID-19 Case Report Form, and the Centers for Medicare & Medicaid Services has specified content that should accompany every SARS-CoV-2 test. NLM-supported LOINC codes have been defined for all of this content, as well as SNOMED CT codes for coded test values. The FDA, CDC, and industry have produced a compendium of the all SARS-CoV-2 tests and their standard codes. The use of standardized test codes for test results is essential to smooth delivery of test results into electronic health records and for the aggregation of test results for research and public health purposes.

Testing for COVID-19 is important, safe, and easy. Getting tested early and often and following best practices, such as wearing a mask, washing hands often, and limiting social contact will help get us back to normal.

Did you learn something new about testing methods? How else can NLM help support testing activities?

Clem McDonald, MD, is the Chief Health Data Standards Officer at NLM. In this role, he coordinates standards efforts across NLM and NIH, including the FHIR interoperability standard and vocabularies specific to clinical care (LOINC, SNOMED CT, and RxNorm). Dr. McDonald developed one of the nation’s first electronic medical record systems and the first community-wide clinical data repository, the Indiana Network for Patient Care. Dr. McDonald previously served 12 years as Director of the Lister Hill National Center for Biomedical Communications and as scientific director of its intramural research program.


Monitoring of emergent strains

The mutations that accumulate in the SARS-CoV-2 genome can alter the viral phenotype and confer a selective advantage that gives rise to new strains. Genomic epidemiology showed that one strain, distinguished by a non-synonymous D614G mutation in the spike protein, first emerged in Europe before expanding to become the predominant strain worldwide 79 owing to a selective fitness advantage conferred by the mutation that increased viral transmissibility 80 .

The integration of genome sequencing within population-scale testing can enable monitoring of the viral strains circulating within a population. Numerous countries have mandated that a proportion of positive samples is subjected to whole-genome sequencing, thereby providing ongoing surveillance of emerging and circulating variants. This sequencing information can identify emergent SARS-CoV-2 variants with differing transmission or pathogenicity, with resistance to antiviral treatment or that are at risk of vaccine escape 81 . In late December 2020, a new SARS-CoV-2 strain known as B.1.1.7 rapidly increased in prevalence throughout the UK, apparently outcompeting existing variants and prompting the rapid imposition of restrictions on travel to other countries 82 . Additional variants that might increase transmissibility and pathogenicity or reduce the efficacy of vaccines have similarly arisen in South Africa (B.1.351) 83 and Brazil (P.1) 84 . As the effect of these variants on the viral phenotype has become apparent, authorities have recognized that global testing will be increasingly needed to monitor the emergence and circulation of new variant SARS-CoV-2 strains.

Variant diversification identified by genomic surveillance is also important to assess the influence of new mutations on the ongoing performance of molecular diagnostic tests 85,86 . The emergent B.1.1.7 strain harbours a large number of mutations that might prevent the binding of some primers to the spike gene and thereby reduce the sensitivity of RT–qPCR tests 87 (Box 1). In response, numerous variant-specific primers have been developed, illustrating that strain diversification will require ongoing updates and validation of testing reagents.


TESTING COSTS AND PRIORITIZATION

A new law mandates that Medicare, Medicaid, other government health care and insurance plans, and most private plans cover COVID-19 testing in the United States without copays or deductibles. On 5 March 2020, the Centers for Medicare and Medicaid Services (CMS) announced new Healthcare Common Procedure Coding System (HCPCS) codes for health care providers and laboratories to test patients for SARS-CoV-2. Starting in April, laboratories performing the test could bill Medicare and other health insurers for services, using a newly created HCPCS code (U0001). This code applies to all tests that were developed by the CDC. Laboratories performing non-CDC laboratory tests for SARS-CoV-2 can bill for them using a different HCPCS code (U0002). Current test prices are $35.91 for U0001 and $51.31 for U0002. The overall costs should take into context how a diagnostic test is used in practice. For example, if a test is restricted to very sick patients, the cost is small compared to the overall medical care. Conversely, if a test is used for broad screening, the cost per positive result could be high depending on prevalence.

There are different indications for diagnostic testing for individuals with a proven or suspected case of COVID-19. Given the limited testing capacity in the United States, priority lists have been established. Priority 1 includes hospitalized patients and symptomatic health care workers. Priority 2 includes symptomatic patients in health care facilities, >65-year-old patients with underlying conditions, and first responders. Priority 3 includes symptomatic patients, including critical infrastructure workers. Individuals without symptoms are currently not prioritized for any testing (28). Specific use cases for different tests have also been laid out (29), but they are likely to change as more testing capabilities become available and societal needs change, such as identification of infectious individuals versus seropositive individuals returning to work.

When carried out broadly and repeatedly, NAT results have consequences for individuals, communities, and the entire population. These tests not only permit the identification, isolation, and treatment of infected individuals but also diagnose presymptomatic and asymptomatic carriers and thus more accurately define the infection rates across populations. Serological testing should be used in parallel with NATs to determine which individuals have acquired immunity and how long it lasts. Serosurveys may also help efforts to develop vaccines. By extension, serological testing that is performed frequently and on a wide scale should help determine what fraction of the population may be immune to COVID-19 and which individuals may rejoin the workforce. The lack of longitudinal testing is problematic because it inhibits our ability to understand the evolution of the disease.

Containing COVID-19 will likely require combinations and concomitant use of the different types of diagnostic tests discussed above. Excitingly, more sensitive and specific kits have become available from major vendors. To be successful, these assays will need to be deployed in such a way that broad and repeated testing becomes routine. Last, there is a need to develop test kits that simplify lengthy purification steps and yield results in much shorter time frames than is currently available. A variety of new approaches are currently being tested experimentally to achieve such results.


شاهد الفيديو: Covid Antibody Test (قد 2022).


تعليقات:

  1. Quent

    موضوع مذهل ....

  2. Yishai

    هل اخترعت مثل هذه الإجابة التي لا تضاهى؟

  3. Dimi

    من المفهوم أن أشكركم على مساعدتهم في هذا الأمر.

  4. Pernell

    أعتقد أنك ترتكب خطأ. دعونا نناقش هذا. أرسل لي بريدًا إلكترونيًا إلى PM.

  5. Chait

    أظهر شخصًا آخر مملًا!



اكتب رسالة